哥斯拉破坏日本多年，〈G对策总部〉发明黑洞炮对付。但实验出意外，引来古代巨大昆虫超翔龙重现，并攻击哥斯拉。日本成了哥斯拉、超翔龙及人类三方的战场。。当一艘游艇被发现漂流在澳大利亚昆士兰附近的海域时——厨房里装满了充足的食物和每个人的个人物品，但船上没有人，警方展开了调查。。
